Update zu InnoVars Genomics

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Die individuelle Abstammung wurde anhand von molekularen Einzelnukleotid-Polymorphismus-Markern (SNP) geschätzt, um die gemeinsamen Allelhäufigkeiten in der Anzahl der zugrunde liegenden Populationen für Brotweizen zu ermitteln. Die optimale Anzahl der Populationen (Cluster) wurde auf der Grundlage der Klassifizierung der Agro-Klimazonen (ACZ) und unserer bisherigen Kenntnisse über das Keimplasma geschätzt. Das Verhältnis der Allelhäufigkeiten zwischen Brotweizenlinien zeigt die Vielfalt der Linien aus jeder ACZ. Aus dem Bild ist es möglich, die ACZ Maritime South als die vielfältigste Population und die Unterschiede zwischen gemeinsamen Allelen für die in den Feldversuchen verwendeten Kontroll-Brotweizenlinien (Checks) hervorzuheben. Für alle übrigen ACZ gibt es eine vorherrschende Gruppe von Allelen in den Brotweizenlinien.

Die Genomic Relationship Matrix (GRM) zwischen Brotweizenlinien wurde aus der SNP-Matrix gewonnen. Die Beziehung zwischen Weizenlinien, die zu den einzelnen ACZ gehören, ist in der Abbildung dargestellt, wobei nicht verwandte Linien durch dunkle Farben (blau) dargestellt werden und helle Farben eine zunehmend größere Beziehung (gelb) anzeigen.

Humberto Fanelli, Centro de Biotecnología y Genómica de Plantas, UPM (Universidad Politécnica de Madrid)

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